ويختلف الحل الشامل لمختبر الأحياء الدقيقة عن هندسة المختبر العامة أو هندسة التنقية حسب متطلبات السلامة ومتطلبات الاستخدام الخاصة بالمختبر.ويشار إلى المختبرات المستخدمة بشكل رئيسي في علم الأحياء الدقيقة والطب الحيوي والكيمياء الحيوية والتجارب على الحيوانات وإعادة التركيب الوراثي والمنتجات البيولوجية بشكل جماعي باسم مختبرات السلامة الحيوية.يتكون مختبر السلامة الحيوية من مختبر الوظائف الرئيسي والمختبرات الأخرى وغرف الوظائف المساعدة.يجب أن تضمن مختبرات السلامة الحيوية السلامة الشخصية، والسلامة البيئية، وسلامة النفايات، وسلامة العينات، والتشغيل الآمن على المدى الطويل، وفي الوقت نفسه توفير بيئة عمل مريحة وجيدة لموظفي المختبر.
يحتوي مختبر الأحياء الدقيقة على غرفة اختبار بكتيرية محلية مكونة من 100 مستوى، وغرفة اختبار فطرية، وغرفة اختبار مسببات الأمراض، وغرفة غسيل وتطهير، وغرفة ثقافة العفن، وغرفة ثقافة البكتيرية، وغرفة تحديد أدوات الكائنات الحية الدقيقة، وإعداد وسط الثقافة غرفة، غرفة حفظ السلالة.